ジェフ・グルカ

モルダーは調査委員会にエイリアンの存在と政府の陰謀を訴え、スカリーとともに謎の地球外生命体を追跡する。

モルダーとスカリーは、X-ファイルに載っているすべての超常現象を解決する才能を持っているために、命の危険にさらされている可能性がある12歳の透視能力者を見つける。

行方不明になったギブソンを探していたスカリー、スキナー、ドゲットの3人は、変身能力を使ってFBIを欺くエイリアンのバウンティ・ハンターに遭遇する。

ハデスに逆らえないゴールドは、言われるままに世界の扉を開いてゼリーナとその娘を黄泉の国に呼び寄せる。その昔、ハデスはオズで西の悪い魔女と出会い、「真実の愛を見つけた」と告げたが、ハデスを信用し切れないと感じた魔女から拒絶されていた。黄泉の国で再会したゼリーナに、ハデスは「君のために黄泉の国をストーリーブルックそっくりにしたのだ」と明かし、彼女を思う気持ちに今も変わりはないことを告げる。

1年近くFBIから姿を消していたフォックス・モルダーがついに本作で復帰、再びスカリーとコンビを組む。モルダーは殺人の罪で起訴される。本作は軍事裁判を通じて、X-ファイル放送開始以降の9年間を、モルダーを中心に振り返る。回想シーンも満載で、これまでの作品で登場した悪役も登場する。

ジョン・ドゲット捜査官はモルダーを見つけるためにFBIの捜査を指揮する。一方、スカリーとスキナーは、ローン・ガンメンの情報をもとにモルダーを捜索する。