UFOの技術を利用した航空機を操縦していたテストパイロットが失踪した。モルダーとスカリーは真相を探るために政府に反抗することになる。
ハロウィン当日、モルダーとスカリーは思考するコンピューターによって殺害された企業幹部の死を調査する。
モルダーがUFO墜落事故の政府による隠蔽工作に密かに潜入したことで、X-ファイルプロジェクトの未来が危ぶまれる。
モルダーとスカリーは、まったく同じ方法で父親が殺害された2人の少女を探す。
ディープ・スロートは、行方不明の逃亡者と地球外ウイルスのクローンに関わる危険な事件の情報をモルダーに伝える。