ジェロニモ・スピンクス

ワシントンDCの裕福な郊外で、2組の夫婦が突然押し入ってきた何者かに殺害される事件が発生。そんな中、事件に触発された若者たちがインターネットを駆使して人を集め、暴動を起こす。

祖父に付き添っていた海軍大尉が救急車ごと失踪する。やがて大尉は瀕死の状態で発見されるが、犯人グループの狙いは元海兵隊員の祖父ルイスだと分かり、ケンジーとディークスが老人ホームに潜入。その後、シークレットサービスの捜査官と話したサムは、ルイスが希少な金貨「ダブルイーグル」を隠し持っていることを知る。一方、ギャリソンが孫の父親である男に接触していたことから、カレンは再び父親と対峙する。

ヘティが会議でワシントンDCにいる間、海兵隊員のランスがNCISのチームを指揮する。

海兵隊員が汚職警官と接触しているという情報を得て、カレンとサムはハイウェーパトロールに潜入捜査をする。しかし彼らの目の前で核弾頭を乗せたトレーラーが強奪され爆発予告の映像が届く。

カレンとサムとディークスがそれぞれ別の捜査機関に拘束される中、ある囚人が移送中のカール･ブラウンを逃がす。一方、内通者を特定できず辞職に追い込まれたヘティは、他の職員たちを帰すよう指示し、ケンジーやネルに後を託してロス支局を去ってしまう。その後、エリックが音信不通になっているCIA局員サバティーノの情報を洗い直していると、ある重大な事実が発覚。とうとう内通者の正体が明らかになる。

NCISはスリーパー達の家を捜索するが全員が拷問を受けた上に殺され、核爆弾は既に持ち去られていた。CIAと共同作戦を行うことになり、かつて組織に潜入して信頼を受けているクインを再度潜入させる。元捜査官のクインはサムの妻で引退していたが、国家安全保障の危機である今回の事件で復活することになった。