マンハッタンでテロリストを取り逃がしたと知ったテイラー大統領は、ジャックにハッサン一家を国連から空軍基地に避難させる護送を依頼する。そんな大統領の元に犯人から電話が入り、燃料棒から作った放射能爆弾を起爆させたくなければハッサン大統領を引き渡せと要求する。
新人の遺体搬送係ダニーが、ドラッグの過剰摂取で死亡したアレックス・グラントの遺体を運んできた。ところが遺体が消失し、瀕死状態のアレックスが見つかる。彼は低体温症に陥り死亡と誤認されたのだ。銃創を負ったアレックスは「ルームメイトのポールに撃たれた」と言い残し、病院に搬送される。その直後、ポールの射殺体が発見され、ミーガンはアレックスを容疑者と疑い始める。
若い植物学者の死に導かれ、CBIチームは、巨額の富をもたらす医療用マリファナ栽培の世界に入り込んでいく。被害者を殺す動機が見当たらない、と誰もが言う中、ジェーンは、被害者と大手タバコ会社との間で交わされた裏取引について明らかにしていく。一方チョウは、捜査の最中に現場で元恋人のサマー･エッジコムにばったり会い、ショックを受ける。
2001年、デリの経営者フランクが殺され、従業員のリカルドが逮捕された。事件は解決したかに思えたが…。4年が経ち、リカルドの無実を証明するため、弟のパウロが祖国からやってくる。兄弟の固い絆に心を動かされ、ヴァレンズが捜査を始める!
1994年、高校生のトレヴァーが学校の屋上から転落。彼が心酔していたバンドのヴォーカルが自殺した1ヵ月後の出来事で、遺書らしきメモの存在により自殺と処理された。ある日、メモの前半部分が発見されたことで事態は一転。事件性が疑われ、再捜査が始まる!
