ブレナンは、休暇で砂漠に行っていたアンジェラから頭骸骨の鑑定を依頼される。それは写真撮影に出て以来行方不明のアンジェラの恋人、カークではないかとの疑いが。研究所で鑑定の結果、銃創が発見され、頭骸骨はカークのものと判明。ブースはドラッグ関係の事件と踏むが、捜査の行方はあらぬ方向に。
イスラム教徒の海兵隊員がモスクで死体となって発見される。NCISチームは捜査を行うが、現場のモスクはテロリストの募集所ではないかとFBIに疑われていた。
カナダで活動するカルト教団が、スカリーがアフリカで発見したものと同種のUFOを発掘する。同時にスカリーの息子、ウィリアム殺害の陰謀計画が動き出す。
核廃棄物を輸送中のトラックが突如消息を絶つ。盗んだ犯人の目的は放射能性拡散兵器「汚い爆弾」によるテロなのか? やがて運転手が死体となって発見。現場にあった携帯電話には、12時間以内に2000万ドルを渡さないと放射能でロスを汚染するというメッセージが残されていた…。
保険の授業の課題で、誤って生徒たちの手に渡ってしまったものは、古代の猛獣の卵。ウィロー、コーデリア、ルパート、ジョイスは、猛獣のドローンになってしまう。
