Vの進化のためリサとタイラーを交配させようとするアナ。その頃、エリカとダイアナはリサの協力を得てアナへのクーデターを起こそうとしていた。一方、Vが主張する平和的な共存に懐疑的だったある人物が登場し...。
アナが放った謎の雲は空を赤く染め、やがて赤い雨を降らせる。その謎を解明し、そしてV(ビジター)が地球に求めているものを突き止めることで人類を救うことになると信じるエリカたちの戦いが始まる。
コンコルディア計画は予定どおりに進み、地球で初めてのブルー・エネルギー装置のスイッチを入れようとするアナ。だが、アナの最終目標が何かは謎だった。そんななか、イアナはリサに運命を全うするようにと諭す。
15年間も母のダイアナに一度も会っていなかったアナ。今、2人は暗い母船の奥底で初めて向きあう。一方、タイラーを身ごもっていた頃、Vの実験台にされた可能性があると疑うエリカはタイラーの血液検査を行う。
同僚の捜査官がVであることが判明したことにより、エリカは彼女と文字どおり“命懸けで”戦うことに。その頃、リサは自分の体が少しずつ変化し、母親のアナに似てきていることに気づくのだが...。
