アディソンと緊迫した関係が続くメレディスだが、医師として彼女を慕う気持ちも芽生え始め、揺れ動く心の整理がつけられない。
アトランタの裕福な地域から女性が誘拐され、BAUは手がかりを探しに聞き込みを開始する。
ファースト・シーズンのフィナーレでレッド・ジョンを取り逃したジェーンとCBIのメンバー。その後も次々と事件を解決していくジェーンたちだったが、ミネッリは型破りな捜査方法を批判。さらに追い打ちをかけるように、リズボンのチームをレッド・ジョンの捜査担当から外してしまう。リズボンの元上司サム・ボスコが捜査を引き継ぐが、ジェーンはCBIのコンサルタントを辞めると言いだす。
意識不明の妊婦が運ばれてくる。アディソンは母親とその胎児の命を救うため闘う。
30年以上前に建設されたビルの解体工事中に、2体の白骨が発見された。捜査が開始されジュリアという白人女性とジェラルドという黒人男性のものと判明する。リリーらは、2人があるコミューンに所属していたことを突き止める。そして、当時コミューンのリーダーを務めていたアダムに話を聞くことにする。