森で人工知能研究のパイオニアの遺体が発見され、プログラマーの1人が容疑者として浮かび上がった。またブレナンは自分の誕生日にサプライズパーティーを計画していた。捜査では人工知能を巡り反ロボット団体など次々と容疑者が現れる。そして遺体が遺棄された状況が少しずつ明るみになるにつれ容疑者が絞り込まれていく。
ハロウィーンに事件現場に到着したNCISチーム。トーレスは被害者が訓練センターで一緒だった友人だと気づく。ジミーは物の位置が変わる現象に悩まされ、検視室が悪霊に取りつかれたと考える。
故意の化学物質流出事故が起こされ、コノの夫アダムを含む6人の危険な受刑者が逃走。ファイブ・オーが捜索に乗り出す。