ジョエル・マクヘイル

殉職したアンダーセン警部の後任としてウェザビー警部が着任するが、くだらない命令を連発しミッド・ウィルシャー署全体の士気を下げる。ノーランはジェシカの勧めに従い、検察が保護する証人の護衛任務に志願する。タリアが同行を断ったため、代わりにティムがノーランと組む。証人はヘイズという元国境警備隊員で、今はカルテルから命を狙われている。 ルーシーはタリアと組み、母親からの虐待を受けた青年を保護する。その後ルーシーの父パトリックが入院したとの知らせが入る。セラピーの最中に患者が暴れ、腕を骨折したのだ。その患者を逮捕するべきだと主張するルーシーに、パトリックは「必要なのは投獄ではなく治療だ」と反論する。ジーノと交際するジャクソンはささいなことで仲たがいする。昼食時のロサンゼルスを地震が襲う。通信手段が遮断され、隠れ家に孤立したノーラン、ティム、ヘイズの3人をカルテルの殺し屋たちが襲撃する。3人は何とか脱出に成功し海岸の監視小屋に身を隠すが、そこもなぜか突き止められてしまう。それもそのはずヘイズはカルテル側とグルだったのだ。だがティムの活躍で事なきを得る。高級住宅地をパトロールしていたジャクソンとロペスは、麻薬と地震のせいで錯乱した男と銃撃戦になるが、何とか説得に成功し逮捕する。逮捕の際にケガをしたジャクソンはジーノに手当をしてもらい仲直りする。グレイ巡査部長は地震で混乱する中、見事に部下たちを指揮する。そしてその功績をすべてウェザビー警部のものとして本部に報告し、その結果ウェザビーは本部への栄転が決まる。

動画ニュースサイトを運営し自らキャスターを務める保守派の陰謀論者、タッド･オマリーがFBIを通してモルダーとスカリーに協力を求めてきた。2人は彼の案内で、異星人に誘拐された経験を持つという女性、スヴェタを訪ねる。彼女の話を聴いたモルダーは、これまで思いもしなかったある真実に気づかされることになる。

ジャックスは、現状を打開するため、自ら問題の解決に乗り出す。

ジャックスに、クラブを分裂させかねない仕事のオファーがもたらされる。また、無差別殺人事件が発生し、ウェインは自ら捜査を開始する。ジェマは新たな敵に襲われ、タラはクラブを助けるために新しい仕事に志願する。そしてクラブには、新たな味方によって仕返しのチャンスがもたらされる。

スカリーがネット･ニュースに世界規模の陰謀の情報を流したことから、カーシュ長官はXファイル課の閉鎖を宣言。そんな状況下で、モルダーとスカリーは息子ウィリアムを守ろうと彼の行方を追うが、スモーキング･マンも、そして謎の組織も彼を追っていた。モルダーはスモーキング･マンの部下レイエスの情報により、謎の組織のリーダー、ミスターYと対決。ついにウィリアムと対面するが、追手がすぐそこまで迫っていた…。

タッド･オマリーがニュース配信を再開し、異星人のDNAに関する陰謀を告発した。その直後、モルダーが失踪。病院には、各種の感染症にかかった患者があふれ始める。スカリーは、全国民が何らかの方法で免疫機能を奪われ、どんな病原体にも抵抗がなくなったものと考えて治療法を探る。そこへ、昔の友人から電話が入る。