森の中に潜む、首をはねられた魔女に関するドキュメンタリーを制作していた映画学科の大学生が死体で発見される。遺体とカメラに残された映像を頼りにブースとブレナン達が犯人の割り出しに尽力する。
ニューヨーク州シラキュースで、25歳の女性モリーが失踪して24時間が経った。4か月前に25歳のゲイルが失踪し、3日後にオノンダガ湖で遺体が発見された事件と似通っているため、同一犯の犯行だと見なされる。遺体で見つかったゲイルには激しい拷問の跡があり、暴力的な男性の犯行と想定して捜査を進めていたBAUだが、遺体遺棄の状況から犯人が女性である可能性が浮上する。
ひとりの男が、軍の管轄するモンテロ原子炉 (原子力発電所) に不法侵入する。彼の名はマーク･コリンズ。兵に捕らえられると「ウォルター･オブライエンと会わせろ」と要求する。彼はIQ190の天才で、スコーピオンの元メンバーだ。ウォルターに引き合わせられた彼は「原子炉で大変なことが起こる」と警告する。コリンズの言葉を受けてウォルターと仲間がコリンズの自宅を捜索すると、原子炉の制御ソフトが古すぎて更新されていないため、炉心温度が上がり危険な状態にあることを発見する。
マンハッタンから地下200メートルのトンネルで、作業員の男性の遺体が発見される。彼の持ち場は地上だったにも関わらず、地下で死んでいたという不自然な点に目をつけた捜査員達。一方で、ブランド物に身を包まれた16歳の女子高生の 死体が見つかる。性的暴行を受けた形跡はないが、毒物反応の検査で、彼女はかなりの量の酒を飲んでいたことが発覚。彼らの死に隠された、歪んだ人間関係とは…。
ケンとローラ、ジュリーとルークのギャノン一家が乗るヨットで火災が起きた。逃げようとするが船が座礁して身動きが取れない。
