“スーツの男”とチームを組む前、フィンチはどのように対象者を追跡していたのだろう? 当時、フィンチのパートナーはディリンジャーという男だったが、彼はその時、マシンが提示した対象者のケイシーを追っていた。そして、ケイシーを追うもう一人の男が、その頃CIAの捜査官だったリース。今、リースたちの前に再び現れたケイシーを巡り、ストーリーが予想外の展開をする。
マシンが得体の知れない存在に妨害され、近い将来に起ころうとしている大惨事の全体像をつかめなくなる。POIチームは、マシンから送られて来た5件バラバラの番号をもとに個々の情報をつなぎ合わせ、全体像を描き出そうと全力を尽くす。一方フィンチは、マシンについて聞き出そうとするグリアに拉致される。そんな中、ルートが天才たちを引き連れニューヨーク入りする。
キャサリンはのぞきの回数がどんどんエスカレートしていく事件の調査を指揮官として担当する。
ホームズとワトソンは3人の中国マフィア殺害事件を捜査するが、思いもよらぬ容疑者が浮上する。モーランドは長らく隠されていた息子ホームズの過去について打ち明ける。
植物学の教授がマッシュルームに毒を盛られて殺された。ホームズとワトソンは教授の同僚や、生化学者たちやドラッグに関わる人間たちのなかから犯人をさがす。
