麻薬取締局のライオンズ捜査官とSWATが共同捜査を行い、カルテルの密輸の現場をおさえる。だが密輸されていたのはドラッグではなくロケットランチャーだった。押収したロケットランチャーはイスラエルで盗まれたもので、あと2基LAに運び込まれていることが判明する。
頭部をはじめ様々な部位の人骨が、国立森林保護区にある木の上で発見され、捜査に乗り出すブレナンとブース。ジェファソニアンに戻ったブレナンは、疎遠になっていた父親が新たに教師となったことを知る。ブレナンは父親の殺人容疑の無罪判決を快く思っていなかった。一方幸運にも、被害者の骨が政府のデータベースで、3年近くも消息を絶っていた元海兵隊員のものと一致する。
生物兵器による症状に苦しむジャック。だが、アメリカを守るために耐えていた。そしてトニーも、生物兵器の脅威からアメリカを救うために奮闘していた。
誕生日を目前にしたある日。スキーに出かけたキャッスルは、足を骨折してしまう。捜査にも行けず、家で車椅子生活を送る彼は、退屈しのぎにと双眼鏡で向かいのマンションをのぞき始める。すると、ある部屋の男がナイフを片手に、女のいる寝室に入っていく姿を目撃。慌ててベケットに連絡を入れるキャッスルだったが、その頃、彼女は国税庁職員クララ・デウィンター殺害事件の捜査に追われていた。殺人事件と疑わないキャッスルの話を妄想と片づけるベケット。仕方なくキャッスルは、1人で“男の部屋”を見張り続け…。
閉鎖された刑務所の跡地から、囚人服を着た白骨死体が発見された。認識番号から、死体は囚人のハンクと判明。だが、記録によると彼は刑務所内で死亡し、火葬されていた。なぜか、署長を含む刑務所ぐるみの隠蔽工作が行われたのだ。そんな中、ハンクの脱獄歴が明らかになる。