ジョン・サヴェージ

ブラボーチームは和平交渉が進むアフガニスタンに派遣される。一方、処罰としてテキサスの空軍基地にある訓練校に赴いたソニーは、幼なじみのハンナと再会する。

アフガニスタンへの３ヵ月間の派遣を目前に、ソニーは処罰を受けることになる。クレイもまた新たな道を模索していた。一方、リンデル大佐と話したジェイソンは、キャリアを次の段階に進めるようプレッシャーをかけられる。

新たなテロ組織の指導者を追うブラボーチームは、情報を握る人物の護送任務中に敵の奇襲に遭う。ソニーは故郷に腰を落ち着けることを考える。

ブラボーチームはアフガニスタンで和平交渉に対する反対勢力の指揮を執るテロリスト集団のリーダーを追う。一方、クレイはリーダーの意味を学び、ソニーはテキサスで父親との関係修復に努める。

謎の生物に被害者たちが地下に引きずり込まれ、殺されてく事件を取り調べるオリビア、ピーターとウォルター。

幽霊船に取り残されたモルダーとスカリーは、自分たちを加速的に老化させる超自然的な力の謎を解き明かさなければならない。