ジョン・ネヴィル

モルダーとスカリーは、モルダーの父親と関係のあるナチスの戦犯と対面する。そして、2人の男が働いていたプロジェクトの現場で、スカリーとモルダーは待ち伏せにあう。

待ち伏せに襲撃されてモルダーとクライチェックは離れ離れになり、クライチェックはスモーキングマンと取引をする。一方スカリーは、姉の襲撃犯がスキナーの襲撃犯と同一人物であることを知る。

ロシアの収容所から脱出したモルダーは、謎の隕石の破片に関するさらなる手がかりを発見する。スカリーは上院小委員会の公聴会への協力を拒否し拘束される。

奇妙な岩の中から致死性生命体が発見され、モルダーとスカリーは岩の起源を明らかにしようとする。

モルダーとスカリーは、X-ファイルに載っているすべての超常現象を解決する才能を持っているために、命の危険にさらされている可能性がある12歳の透視能力者を見つける。

エイリアンが地球を植民地化しようと計画している証拠をさらに発見し、モルダーとスカリーは人類に残された自由への手がかりを守ろうと行動を開始する。