エイリアンに拉致された人たちが顔のない襲撃者によって生き埋めにされる。モルダーたちは、この事件がエイリアンによる地球の植民地化に関係しているという証拠を見つけ出す。
待ち伏せに襲撃されてモルダーとクライチェックは離れ離れになり、クライチェックはスモーキングマンと取引をする。一方スカリーは、姉の襲撃犯がスキナーの襲撃犯と同一人物であることを知る。
奇妙な岩の中から致死性生命体が発見され、モルダーとスカリーは岩の起源を明らかにしようとする。
ロシアの収容所から脱出したモルダーは、謎の隕石の破片に関するさらなる手がかりを発見する。スカリーは上院小委員会の公聴会への協力を拒否し拘束される。
モルダーとスカリーは、モルダーの父親と関係のあるナチスの戦犯と対面する。そして、2人の男が働いていたプロジェクトの現場で、スカリーとモルダーは待ち伏せにあう。
