ジョン・ハナー

ホームズに以前薬物を売っていた元売人の娘が誘拐され、ホームズに助けを求めてくる。ワトソンはその“友人”が、ホームズが再び薬物に手を出す引き金になるのではないかと恐れる。ところがその古い友人は、ホームズは薬物の影響下にある方がより明敏なのではないかと考える。

スティーブ･ロジャースはトニー･スタークと決裂し、ソコヴィア協定に反対すると姿を消した。そのためアベンジャーズは国連の管理下に置かれ、登録された超人全員が監視されることになった。タルボット准将はインヒューマンズの登録をコールソンに迫るが、最高機密のリストを作り、それが悪の手に渡ったら罪もない人々が苦しむと反論され…。一方、監禁されたリンカーンは基地にハッキングしてきたデイジーの力を借り、脱出を図る。

ゼファー･ワンの性能を知り尽くしたハイヴが監禁状態のデイジーを乗せ、高度10万フィートの空へ向け飛び立った。成層圏から新型の菌を積んだ弾頭を発射すれば、彼に従順なインヒューマンズが増殖し、世界征服が可能になるからだ。一方、シールドの基地ではコールソンが腕に埋め込まれたリモコンでクインジェットを呼び寄せ、反撃に出る準備を進めていた。彼は単身でクインジェットに乗り込み、ゼファー･ワンへ向かおうとするが…。

ハイヴに操られたデイジーはシールドの基地を破壊した。コールソンは彼女にかけられた洗脳を解き、ハイヴのインヒューマンズによる軍隊結成計画を阻止すると宣言。そして、彼に挑むためゼファー･ワンを稼働する。一方、フィッツとシモンズは、ハイヴが宿主の脳にある快楽物質を分泌させ、寄生したインヒューマンズに無敵感を与えることを突き止めると、ルーマニアに向かい、GT農薬の寄生生物研究者ラドクリフ博士に助けを求める。

エレナが親友の結婚を祝うパーティーに出席するためマイアミを訪れていた夜、会場周辺で大規模な停電が発生。犯人はインヒューマンズ解放軍を名乗り、「登録制度を廃止しない限り1時間おきに大都市の停電を引き起こす」と宣言する。一方、メイの重篤な容体に万策尽きたラドクリフは、メイをいったん殺して生き返らせるという大胆なアイデアを思いつく。また、デイジーはロビーとモーメンタム研究所を調べることに…。

フィッツの分析通り、ハイヴはATCUから盗んだ弾頭を使って新型の菌を拡散しようとしていた。その菌に感染した人間は意志を持たず、彼の思いのままに動くインヒューマンズへ変化してしまうことが判明。そして、弾頭を止めるためにはハッキング不可能な政府のミサイル停止コードが必要と知ったシールドは、太平洋にあるミサイル基地が占拠されると、フィッツが作り出したモーションキャプチャーで、アンダース准将に成りすまし…。