ジョン・ビリングスレイ

囚人達が大騒ぎする中、ポープ所長はマイケルの房に向かいトイレ裏の穴を発見する。マイケル、リンカーンと受刑者たちは自由のため逃走し、看守や地元警察が脱獄犯の追跡をする。一方ベロニカは、真相を暴くカギを見つけにモンタナへと向かう。

3年前、設計事務所に勤務していたマイケルは順風満帆な人生を送っていたが、問題を起こしては助けを求めてくる兄がいた。回想の中でリンカーン、スクレ、ティーバッグ、シーノートと医師サラが刑務所に至った経緯と、マイケルが兄の脱獄を計画した動機が明らかになる。

リンカーンが1時間だけの約束で息子に会いに出かけるが、乗っていた車が大型トラックにぶつかり車は横転する。意識がはっきりしない中、リンカーンは謎の男に引きずられていく。一方マイケルは、サラが脱出計画の鍵を握っていることに気付く。

シーズン幕開けは「NCIS ～ネイビー犯罪捜査班」のエピソードの続きからスタート。チームはマックスウェルがハワイに向かったとの知らせを受ける。飛行機を待ち伏せすると、中では数人が死亡しており、マックスウェルの姿はなかった。DCのNCIS捜査官トーレスとナイトも加わって捜査すると、マックスウェルが既にハワイに到着しており、環太平洋合同演習 (RIMPAC) への攻撃を計画していることが判明。チームがマックスウェルを発見した時、彼は近くに隠した爆弾のスイッチを手にしていた。

BAUチームが連続幼児誘拐犯を追う傍ら、行方不明の息子を嘆く家族を慰める。

ブレナンが基調講演者を務める全米法医科学会議の会場で、燃えている女性の遺体が見つかる。鎮火後、一同は会議参加者たちが提供する道具を使って調査を開始。被害者は事件直前にホッジンズが口論していた法医昆虫学者のレオナと判明する。その後、現場に残された靴跡から厨房の従業員が浮上。彼は遺体から所持金を盗んだことを認めるが殺害は否認。ブレナンと確執があった作家のテスや、会議の理事長も容疑者として浮上するが…。