ジョン・フィン

遺体安置所で爆発がおき、ある殺人事件の物的証拠が破壊され、手がかりが失われる。かつてワトソンと対立したコルテス刑事は、ワトソンに捜査への協力を要請する。

米国は核開発停止を求めてイランとの交渉に臨むが、大統領は軍事行動も辞さない構えを見せる。石油パイプライン建設を巡りエリザベスはカナダからプレッシャーを受ける。

海兵隊員6名の遺体を移送していた軍用機が墜落。だがNCISチームがDNAを調べると、ある隊員の遺体が機内になかったことが判明する。

誘拐された海兵隊中尉の捜索が続く中、ギブスとジヴァは犯人を追ってアフガニスタンに飛ぶ。一方、トニーは心の奥底にある恐怖に悩まされ、ギブスはつらい過去を思い出すことに。

危篤の水兵の願いをかなえるため、ギブスたちは事故死とされていた事件を再捜査。トーレスは過去のつらい経験を思い出す。

モルダーは、カナダの山中で発見された凍結物が宇宙人の存在を示すものであることを証明しようとする。だが、真実を探求することで、さらなる嘘や信じられない結末に導かれていく。