ジョン・フィン

米国は核開発停止を求めてイランとの交渉に臨むが、大統領は軍事行動も辞さない構えを見せる。石油パイプライン建設を巡りエリザベスはカナダからプレッシャーを受ける。

遺体安置所で爆発がおき、ある殺人事件の物的証拠が破壊され、手がかりが失われる。かつてワトソンと対立したコルテス刑事は、ワトソンに捜査への協力を要請する。

海兵隊員6名の遺体を移送していた軍用機が墜落。だがNCISチームがDNAを調べると、ある隊員の遺体が機内になかったことが判明する。

モルダーは、カナダの山中で発見された凍結物が宇宙人の存在を示すものであることを証明しようとする。だが、真実を探求することで、さらなる嘘や信じられない結末に導かれていく。

モルダーはスカリーの病気の治療法や、局内に潜む二重スパイの正体を探し続けている。そんな彼に、意外な人物が協力する。

モルダーが自殺したという嘘をスカリーがついたことで時間を稼ぎ、モルダーは洞窟の中のものとよく似た死体を発見する。氷床のサンプルから発見された生命体とスカリーのDNAを結びつけることで、スカリーの治療法の可能性を見出す。