モルダーとスカリーは、モルダーの父親と関係のあるナチスの戦犯と対面する。そして、2人の男が働いていたプロジェクトの現場で、スカリーとモルダーは待ち伏せにあう。
ネイティブアメリカンの神秘的な儀式により、モルダーは蘇る。一方、スカリーはエイリアンの実験に関する秘密のファイルを追い、知らず知らずのうちに命を狙われる羽目になってしまう。
エイリアンに拉致された人たちが顔のない襲撃者によって生き埋めにされる。モルダーたちは、この事件がエイリアンによる地球の植民地化に関係しているという証拠を見つけ出す。
スキナーはスカリーの命を救うために、スモーキングマンによる蜂襲来の証拠隠滅に協力するが、自分が殺人の濡れ衣を着せられていることに気づく。
モルダーとスカリーは、X-ファイルに載っているすべての超常現象を解決する才能を持っているために、命の危険にさらされている可能性がある12歳の透視能力者を見つける。
