エイリアンが地球を植民地化しようと計画している証拠をさらに発見し、モルダーとスカリーは人類に残された自由への手がかりを守ろうと行動を開始する。
モルダーとスカリーは、X-ファイルに載っているすべての超常現象を解決する才能を持っているために、命の危険にさらされている可能性がある12歳の透視能力者を見つける。
モルダーは調査委員会にエイリアンの存在と政府の陰謀を訴え、スカリーとともに謎の地球外生命体を追跡する。
モルダーとスカリーは再び現れたカサンドラについて捜査する。
ウォリックが男性が車椅子に乗ったような人間に殺害された事件を調査する。女性の殺害事件がサブカルチャーのナルコリードの歌が麻薬殺人事件を示唆していた事をニックが調査する。