テネシー州メンフィス。シングルマザーのロンダが娘とともに差出人不明の小包の中身を開けた瞬間に爆発が起きる。ほかにも同様の爆弾事件が続いており、BAUは捜査に乗り出す。
DCで車が爆発し、死者が出る。NCISの捜査官ニック・トーレス (ウィルマー・バルデラマ) が関係していることが捜査で判明。それはアルゼンチンで潜入捜査中だった半年前、失踪した人物だった。一方、クイン捜査官 (ジェニファー・エスポジート) が育てた8人の捜査官を次々とクビにしたギブスは、チームと行動を共にするようクインに提案する。