ある夜、打たれ役のボクサー、ジミーはなぜか自分の手が血まみれになっていることに気づく。その翌日フィラデルフィアの路地で、鉄パイプで撲殺された男性2人の遺体が発見された。現地に飛んだBAUは被害者の関係を調査するが、犯人と2人の被害者に面識がないことがわかる。さらに2度目の犯行が始まり、今回は素手で被害者を撲殺していた。被害者全員が同じ場所を骨折していることから犯人は格闘技の訓練を受けたものではないかと推察されたとき、3度目の犯行が。犯人は憎む敵を倒すために闘ったのか、それとも…。
殺人鬼に襲われピーターを亡くしたミーガンは、３ヵ月の休職後自ら職場復帰を望み検死局に戻ってくる。早速、彼女はケイトからの指示で、泥酔死したと思われる男性の遺体発見現場に向かう。すると、そこに現れたのは新たに配属された殺人課刑事トミーとアダムだった。その矢先、現場近くのビルから５体の腐乱死体を発見。連続殺人事件としてミーガンとトミーは捜査を共に進めるが…。
連続殺人事件は解決したかに思えたが、最後の犠牲者を再び検死したミーガンは、体内に「液体爆弾」を見つける。そこへ「レイシーを誘拐した」という電話が入り、犯人はミーガンに「液体爆弾」を指定した場所に持ってくるよう命じる。そんな中、医師ウォレスの娘アリッサが射殺体となって発見された。この事件によって誘拐犯を特定したミーガンは、単独で犯人に接触しようと決意する。
家族は新しい世界に適応しようとする。しかし、そこでマディソンとトラヴィスは地域を占拠する国家警備隊の異なる側面を目撃してしまう。
地域と住民たちに対する国家警備隊のプランが明らかになり、トラヴィスとマディソンは難しい決断を迫られる。
