デラウェア･ベイで、1年前に失踪したカーリー･リチャードソンと思われる妊婦の遺体の残骸が発見される。不倫していた夫が容疑者となっていたが、新たな事実が浮かび上がる。一方、ブースは息子とレベッカの恋人が仲良くなるのが気に食わない。
ジャックは、ローガン大統領に自白させようとしたが失敗。こうして、頼みの綱は大統領夫人マーサだけとなる。その後、全てが解決したと安堵したのもつかの間、ジャックに恨みを持つ敵が忍び寄る。
保安官チャーリーの力を借りて、ある殺人事件の捜査を進めるギブスのチーム。すると似たような手口で殺害された基地職員とパイロットの遺体が続けて見つかる。2人は共に離婚調停中だった。
国防総省と関係の深い企業の社員が死体で発見される。ネルは自身の高いIQを駆使してその企業に潜入、死んだ捜査官の代理として任務に就く。チームリーダーとしてのヘティに不信の念を抱く、NCISの新しい副局長、オーエン･グレンジャー。
ろう者支援財団の会長が車に仕掛けられた爆弾により死亡する。捜査線上に浮上したのは、奨学金を狙っていた学生。殺人犯を突き止めるため、サラは義理の母が働く大学で捜査を始める。
