海軍基地でフッ化水素酸に浸かった腐食した遺体が見つかる。ダッキーとアビーの分析により被害者は潜水艦の乗組員であることが分かる。
かつてNCISのチームメンバーを人質に取ったテロリストが再び戻ってくる。今度の目的は大統領の襲撃だった。
ある新聞記者とデートをした海兵隊員が行方不明になる。捜査を進めていくうちにギブスは、海兵隊員と同じ班だった隊員3名が死亡していたことを知る。連続殺人の可能性を視野に入れ、彼らの指揮官を追う。
特殊部隊の訓練中、大尉が事故で死亡する。ギブスのチームは原因を突き止めるべく捜査に着手する。
森の中で2等軍曹の遺体が発見される。殺害の裏には、地元の市民軍と武器の密売が絡んでいることが次第に明らかになってくる。