ロシア総領事館で拘束されたジャックを助けようと、ローガン元大統領は元妻マーサの協力を得てロシア大統領との接触を試みる。CTUでは、新しく赴任してきたマイク･ドイルがジャック救出作戦の指揮を執ることに。
父親を殺害された米海軍特殊部隊のスティーヴ･マクギャレットは、ハワイ州知事に誘われ、犯罪撲滅のための特別捜査チームを率いる。メンバーはハワイに来たばかりのダニー･ウィリアムズ刑事、マクギャレットの父親の元同僚チン･ホー･ケリー、そしてサーファーから警官へ転身した新人コノ･カラカウア。
駐フィリピン大使の令嬢二人のうち一人が溺死体で発見され、一人が誘拐される。検死官のマックス･バーグマン (マシ･オカ) の優れた考察によって、ファイブ･オーは麻薬、売春、そして危険な政治的背景など、もつれた糸をほどいてゆく。
シーズンの最後に大事件が―。ファイブ･オーは爆破事件の背景を解明しようと奮闘するが次々とトラブルが発生、知事もファイブ･オーを突き放す。そしてマクギャレットとウォー･ファットの対立がクライマックスを迎える。
殺されたスティーヴの父親が生前、調査していた事件の資料を入れていた工具箱がスティーヴの自宅から盗まれた。同時に妹のメアリーが拉致され、母親の殺害の新しい手がかりが見つかる。すべての手がかりは日本のヤクザにつながっていた。
