NCIS捜査官が殺害され、ギブスたちはトニーの数ヵ月にわたる極秘任務で何があったのかを調べることに。
海軍とNCISを根底から揺るがすようなテロ事件が起き、ギブスとチームのメンバーたちは驚くべき真相に激しく打ちのめされる。
海軍中佐の殺害事件を捜査していたNCISチームは、調べを進めるうちにE･J･バレット捜査官の居場所を知ることになる。
FBI捜査官のケイトはダニエルに、殺人の罪で再審中の男の精神面での責任能力を判断するよう依頼する。しかしダニエルの調査の結果、審判を受けている人物が6年前の彼と同一人物であるか疑わしいとされると、審判は予想もできない衝撃的な展開を迎える。一方ケイトは、その事件を起訴している連邦検事補がもうすぐ元夫になるはずのドニ―であることを知り仰天する。
ドニ―は神経疾患を患う戦争の英雄を救おうとする。よかれと思って始めたものの、結果的には病気に深刻な影響を与えてしまう。一方、過去の遊び相手が姿を現したとき、ダニエルは予想もしなかった事実に驚く。
