天才的な頭脳を持つ数学者が公園で射殺される。しかも遺体の右手人差し指が切り落とされていた。捜査を進めるうちに、被害者は高度なコード解析装置の開発を行っていたことがわかる。その装置の価値は計り知れない。犯人は指紋認証の金庫を開けるために指を持ち去ったようだが・・・。リグスビー役のオーウェン・イオマンの妻ルーシー・デイヴィスが被害者の妻ダフネ役で登場。
アーリントン国立墓地で起きた奇妙な事件を調べるうちに、NCISチームはホームレスの退役軍人を狙った連続襲撃事件とのつながりに気づく。一方、マクギーとビショップとトーレスは情報を隠した罰として、ヴァンスから何時間もかかる証拠保管庫の整理を命じられる。
ニューヨークで若い女性が殺され、パキスタン系アメリカ人の青年が犯行の容疑者として起訴される。依頼を受けた弁護士の男は真相究明に奔走。青年はあからさまな人種差別に直面し、厳しい獄中生活を強いられる。
中国領事館の通訳の死をきっかけに、捜査チームは不可解な事件へと巻き込まれていく。
アンジェリカにひどくイジワルされたトミーはアンジェリカに悪いことが起きるよう願いをかける。その後ドリューが持ってきたアンジェリカの等身大の像を見て、トミーたちは願いが叶ったと思い込む。【足をけがしたアンジェリカ】両親が旅行に出かけるためトミーの家に預けられたアンジェリカはかまってもらいたくて足を骨折したフリをする。
