ウェブデザインの会社で爆発が起こり、その爆発物は4年前から通気管に仕掛けられていたことが分かる。一方、ワトソンはホームズに自分の代わりとなる“支援者”を見つけるようにと促す。
憲法制定会議での事件から3年後、アレックスはイタリアで恋人とその娘と穏やかに暮らしていた。だがある夜、彼女の正体を知る暴漢に襲われる。詳細を調べるためスイスへ向かったアレックスを待っていたのはライアン。彼の妻となったシェルビーがウィドウと呼ばれる武器商人に拉致され、身代金として、かつてライアンとアレックスが政府から盗み出した極秘コード『良心のコード』を要求されたと言う…。
警官の殺害事件。人種に基づくプロファイリングと過剰報道が無実の人間を死刑に追いやった可能性がある。アリシアは配偶者の特別面会を利用し、刑務所にいる夫から内部情報を聞き出し、依頼人の潔白を証明しようとする。
やり手の実業家が路上駐車の車の中で殺されているのが見つかる。一方、ジェイミーは初めて潜入捜査をすることになり…。