シェルドンが旅に出てから45日後。レナードはアリゾナの警察署にいるシェルドンから電話を受け、エイミーと迎えに行くことになる。ペニーはバーナデットが勤める、製薬会社の営業職の面接を受けることに。一方で、ハワードが実家へ行くと、すでに家を出ていったはずのスチュアートがまだ居候しており…。
シェルドンのネット番組「旗で遊ぼう」が最終回となり、シェルドンとエイミーは撮影にいそしむ。一方、レナード、ハワード、ラージの3人は亡くなった大学教授ロジャー･アボットのオフィスを片づけていると、レナードはアボットが母親から贈られたシャンぺンを見つけ、3人の中で大発見をした者が出た時に栓を抜き、偉業を祝うとともにアボットに乾杯しようと提案するが…。
NY市警とジャックのチームは、ハッサン大統領の娘カイラがいるホテルへ急行する。カイラは、タリンに悟られないよう時間を稼ぐが、タリンが外の異変に気づき、強引にカイラを連れて部屋から出ようとする。一方、CTUのデイナの元には、ケビンの保護監察官だと言うプレイディが訪ねてきて、鋭い質問をする。
自爆テロを試みるテロリスト一味の若者を説得しようと、ジャックはある作戦に出る。CTUでは、ヘイスティングスの信頼を失ったデイナがクロエのサポートに降格、コールはマルコスの母親を病院に連行するよう命じられる。一方、タリンと密会しているカイラは、母ダリアからの電話にも出ようとしない…。
電磁パルス爆弾の攻撃により機能停止したCTUは、燃料棒を追跡する術を失ってしまう。そこでジャックはNSA(国家安全保障局)に協力を仰ぎ、敵の搬送経路がイーストリバーに絞り込まれるよう、他の経路を封鎖する。案の定イーストリバーにやって来たテロリストらはジャックらの到着を察知し、激しい銃撃戦を仕掛ける。連絡が途絶えたジャックを心配するクロエは、一刻も早くCTUのサーバーを復旧させるため、対立するNSA局員相手に無謀な行動に出る。
