ダナ・スカリー捜査官は、フォックス・モルダー捜査官によって再開されたX-ファイルと呼ばれる事件の捜査に巻き込まれる。
緊迫した人質交渉の中で、モルダーはエイリアンの実験の犠牲者だと主張する殺し屋に同情してしまう。
太平洋上で第二次世界大戦中の飛行機を発見した引き揚げ乗組員のメンバーは皆、謎の放射線やけどを負う。一人の乗組員は無事だったが、実は彼は単身で引き揚げ船に乗り込んだわけではなかった。