ターミネーター T-1001は、なぜ医者を必要としているのだろうか? サラとジョン、キャメロンが、リストの人物を追跡していくにつれ、その理由が明らかになる。デレクは、親しかった女性が突然“現在”に現れて驚く。
ある日家に強盗が入り、サラたちは警戒心を強める。その頃、エリソンはターミネーターの恐怖を味わい、ジョンも別のターミネーターから狙われていた。一方デレクは、ジェシーと付き合いを続けていた。
サラの不可解な悪夢が、現実の世界にも忍び寄ってくる。その夢は、サラとジョンにどんなメッセージを伝えているのだろうか? その頃、スカイネットの共謀者と思われる人物を見つけたデレクは、ジェシーと調査に乗り出す。
“3つの丸いマーク”に執着するサラは、あるブログをきっかけに、マークの象徴を知る人物に行き当たる。ところがそこからたどり着いたのは、まったく思いもよらないものだった。一方、ジョンと親密になったライリーは、キャメロンと対決する。
過去、現在、そして未来の出来事が衝突する…。現在の世界では、サラとキャメロンは、デレクの未来に関わるある家族を救おうとするが、苦しい戦いが続く。そして未来の世界では、ジェシーが生死の淵をさまよっていた。
