ソウル・ルビネック

フィンチの少年時代がフラッシュバック。日常生活の中でも周囲をあっと言わせるフィンチは、後にマシンを創造する天才的な能力をすでに発揮していた。一方、HRとの戦いを終えたリースは、マシンが次々と新たな番号を提示する中、突然姿を消す。フィンチはある対象者が病院にいることを突き止めショウを送り込むが、そこにはすでに何者かが潜入していた。

死が迫る対象者を守ろうとメンバーが奔走する中、複数の敵がPOIチームを攻撃する。マシンが進化し、第二のマシンと言われる物が現れ、HRと全面戦争の後リースが姿を消した今、チームは大いなる苦戦を強いられる。フィンチは、自分が作ったマシンを守り、リースを取り戻すために危険を冒し全力を尽くす。予断を許さない状況が持続するストーリーは最終章へと向かっていく。

ケイトの後を追って、ハッチの中へ下りていくロックは、突然背後から銃を向けられる。そして再びあの謎の数字に行き着くことになる。その人物は一体何者なのか? 一方、ウォルトが連れ去られ、マイケルは溺れて死にかける。肩を撃たれたソーヤーがマイケルをイカダの上にひっぱりあげ、彼の命を助ける。そんなマイケルとソーヤーの前にあの島が…。

元保険調査員のネイサンに、盗まれた飛行機の設計図を取り返すよう航空機メーカーの社長から依頼が入る。ネイサンは社長が雇った犯罪のプロ、ハーディソン、エリオット、パーカーとチームを組み任務を完了するが、実は全員だまされていた事実が判明。

第4話: ラリーはディナーパーティで、グリーンズの娘にうっかり精神的ショックを与えてしまう。その後、ラリーは自己利益のために天気予報を偽って伝えたとして、地元の天気予報士に非難を投げかける。

第5話: レーズンとカシューナッツが入った袋が、有名な俳優とラリーの仕事関係を脅かす。その一方、汚れたロッカーがラリーのゴルフクラブのメンバーシップを脅かす。