ロサンゼルスの市中にある油井が次々と爆破される事件が発生。訓練中だったSWATはそのまま出動する。捜査を進める中、周辺住民に被害をもたらす油井を批判し石油会社に抗議する活動家たちの存在が浮上。ディーコンとアニーは無実の罪で投獄されたという男の罪を晴らすために調査を続ける。
ホームレスが、焼けた肉の臭いを辿って焼死体を発見、心臓手術の痕から、離婚弁護士のリチャード･バートレットと判明する。リチャードは非情な男で顧客から恨まれていたと妻が証言、殺害当日に会っていたカーマイケル夫妻に聴取すると彼らはすっかり仲直りしていた。
保釈金立替所を営むデオン･カーヴァーが、オフィスで撲殺された。殺害現場に残された靴跡、仕組まれた盗聴器などの証拠に加え、カーヴァーの妻への事情聴取を手掛かりに容疑者を絞っていくベケットたち。そこへ検視官のラニが、遺体から“暗号が書かれた紙”と“聖油による十字架 (終油の秘跡)”を見つけ出す。キャッスルは「ダ･ヴィンチ･コード!」と暗号の解読に夢中になるが、ベケットは「殺しの動機にはならない」と一蹴。ところが、暗号には驚愕の真実が隠されていた。
アンディとサリバンは関係を保とうとする。ベンは大きな喪失感と向き合う。非番の隊員たちは、ある母親を助けようとして警官と衝突する。
海軍の予備兵が帰宅すると、夫の姿はなく、部屋は血まみれだった。彼女はNCISチームに夫の捜索を依頼する。一方、トニーはジヴァが父親の死の恨みを晴らすため、危険な行動に出るのではないかと心配する。
