多額の宝石や時計が盗まれ、警備員の死傷者を出した強盗事件が発生。犯行に軍用の爆弾が使われたことから、NCISが捜査を行うことになり、メキシコで重傷を負ったカレンに代わってデシャン捜査官がチームに加わる。当初はプロ集団の仕業だと思われたが、現場のカメラに映っていたのはたった1人の犯人。さらに犯人が試作段階の軍用パワードスーツを身に着けていたことが分かり、サムたちは次の標的の特定を急ぐ。
何かを探し求める謎の人物が、終末を迎えた世界で重要な資源をめぐる争いに巻き込まれる。