タック・ミリガン

ついにリースと顔を突き合わせることになったカーター刑事。だが、その時リースは新しい捜査対象について彼女の協力を強く求める。ターゲットに選ばれたのは、貧困層出身というデメリットを克服して弁護士となった根性のある若い女性。リースとフィンチがしていることを知った今、カーターはどちらの側につくのか、決断しなくてはならず…。

フィンチの少年時代がフラッシュバック。日常生活の中でも周囲をあっと言わせるフィンチは、後にマシンを創造する天才的な能力をすでに発揮していた。一方、HRとの戦いを終えたリースは、マシンが次々と新たな番号を提示する中、突然姿を消す。フィンチはある対象者が病院にいることを突き止めショウを送り込むが、そこにはすでに何者かが潜入していた。

活火山の底で科学者の死体と生命体が発見される。モルダーとスカリーは、この奇妙な寄生胞子の恐ろしい影響を調査する。

死が迫る対象者を守ろうとメンバーが奔走する中、複数の敵がPOIチームを攻撃する。マシンが進化し、第二のマシンと言われる物が現れ、HRと全面戦争の後リースが姿を消した今、チームは大いなる苦戦を強いられる。フィンチは、自分が作ったマシンを守り、リースを取り戻すために危険を冒し全力を尽くす。予断を許さない状況が持続するストーリーは最終章へと向かっていく。

グリーンは母親のルースが脚を骨折して入院したとの知らせを受けて故郷のサンディエゴに帰る。ドクター･セイヤーズの診断は多発脳梗塞性痴呆だったがグリーンは納得できずに、多角度からの検査を要求、この事件がきっかけで父と子の仲はますますこじれてくる。こじれた仲の親子は士官クラブで口論し、今度はデイビッドが呼吸困難で病院に担ぎ込まれる始末。しかし父は海軍病院のERで緊急治療を手伝う息子の姿を見て、誇りに思うのだった。

ベルは元相棒の死の裏にアンタッチャブルな犯罪組織のボスがいる可能性を知り、特捜班のメンバーと共に追い詰めようとする。ステイブラーに極秘ミッションの声がかかる。