全国統一試験 (SAT) の当日、ローズウッドの町に暴風が吹き荒れ、SATは急きょ延期される。しかし校内に閉じ込められた4人は、テストの中止を喜ぶ間もなくトラブルに見舞われる。友人、意中の相手、ボーイフレンド、親との間に次々と問題が発生し、4人の気は休まるときがない。こんなトラブルを抱えるくらいなら、SATを受けるほうがよほどましだ。一方、バイロンとエラの夫婦関係は悪化の一途をたどり、バイロンは娘の件でアシュリーに相談をもちかける。
“A”を無視したツケが4人に返ってくる。ひとりは家庭崩壊の危機を迎え、ひとりは身に覚えのない賞賛を受けて親との関係がこじれ、ひとりは恥ずかしい作業服を着て借金を返すために働くことになる。4人は口紅で書かれた“A”からのメッセージに苦しめられ、さらにティーンエイジャーならではの恋の悩みも抱える。恋人候補の出現、試練に立たされた秘密の恋、新たに芽生えたロマンス。そして長年育んできたロマンスは先の見えないグレーゾーンに突入する。
ハンナが退院の日を迎えたことは喜ばしいかぎりだが、車椅子に乗せられ“A”の影におびえる姿は、生還者というよりもヒッチコック映画の悲劇のヒロインを思わせた。ほかの3人はハンナを支えながら、自分自身のトラブルにも対処しなくてはならない。スペンサーはいまだ姉メリッサの告白にショックを受け、さらにアレックスとの恋路に思わぬ邪魔が入る。エミリーは険悪な両親の仲を少しでも和らげようと、マヤを夕食に招待する。一方、アリアとエズラは何者かに脅されるが、その犯人が生徒のなかにいるとにらむ。
卒業生を迎えて盛大に行われる学園祭に向けて、ローズウッド高校の実行委員はキャンパスの飾りつけに大忙し。女子生徒は“学園祭のクイーン”の座を狙って盛り上がっていたが、4人はそれを遠巻きに見ているだけだった。学園祭の当日、ヒロインのハンナが大胆な行動を起こし、やっかいな状況に陥ってしまう。残る3人は彼女を守り通せるのか、それとも学園祭の夜は忘れられない悪夢と化すのか。
悲劇の学園祭から一夜が明け、4人は事態の収拾に乗り出す。もはや親も、兄弟も、友達も、ボーイフレンド (秘密の彼、恋人候補の彼、今の彼を含めて) も信用できないが、先手を打たなければ、状況は悪くなる一方だ。4人はトビーに関する重大な情報をつかむが、それは一部の人間にとっては喉から手が出るほど欲しい情報だった。そのころ、アリアのもとに“A”以外の怪人物からメールが送りつけられ、モンゴメリー家に緊張が走る。
