東欧から連れてきた未成年の少女たちを人身売買しているハンガリー人ギャング「バル･ケズ」。その組織に潜入していた女性警官エヴァは、ギャングのリーダー、ヴァルガにライターに見せかけたレコーダーを持っていることがバレてしまい、どこかへ連れ去られる。S.W.A.T.チームは潜入捜査を指揮する組織犯罪課のシコーラと共に、エヴァの捜索に当たることになる。ホンドーたちはまず、ヴァルガが最後に電話をかけたバーへ向かう。
とある立てこもり事件が発生し、人質に取られた男タイファが、元ソマリア軍閥指導者エイデン･サイードであることが判明した。ハーグにある国際刑事裁判所から担当者がサイードの身柄を引き取りに来るが、空港へ向かおうと市警本部を出た直後、何者かに狙撃され本部に引き返す。ホンドーとタンはサイードが出国するまで身辺警護に当たることになるが、海兵隊時代にソマリアで戦闘経験のあるホンドーはサイードへ嫌悪感をむき出しにする。
チームは海軍を狙うテロリストを追うが、新米のネッド･ドーニゲット捜査官の歯に盗聴器が仕掛けられていたことが発覚し、状況は思いがけない方向に展開する。
ベラルーシから連れて帰った精神科医、イフチェンコ博士からSSR支局長がリヴァイアサンの情報を聞き出していた際、組織が女工作員を育成していることを知ったカーターは、スタークの技術を盗んだのは女工作員だと確信し、ジャーヴィスと共に捜し出す。そんな時、SSRはカーターが陰でスタークを助けていた事実をつきとめ、彼女を国家反逆、スパイ行為などで逮捕しようとする。
20年前にボスニアの大虐殺で両親を失い、ケイブに命を救われたというソニアが訪ねてくる。虐殺を指示した戦犯ゾリッチと23人の仲間を長年追い続け、ようやくキューバにいるという手がかりを見つけたたものの、国際警察は助けてくれない。そこでケイブに再び力になってほしいと会いに来たのだった。ケイブの古い知り合いならばとスコーピオンたちはソニアに手を貸す。
