担当する連続殺人事件の容疑者達が殺害され、グリッソムは当局内部の手引きを疑う。
イラクで撃たれたギブスは空母の外科エリアに運び込まれ、生死の境をさまよう。一方、ディノッゾとCIA局員のジョアンナ･ティーグはテロ組織“コーリング”を追い詰めるべく上海へ。今、シーズン13の幕が上がる。
19年前、少年を残忍な方法で拷問し殺害した罪で収監されていた3人が、司法取引により有罪判決が破棄されて釈放される。3人の自由を祝うパーティーの最中、釈放されたうちのひとりロッコが少年と同じ方法で全身に鋭器損傷を負い殺害される。遺体から女性のつけ爪が発見され3人の支援者であるケイラに話を聞くが、彼女は3人の中の別のひとりヴィクターにレイプされたと打ち明ける。釈放された3人は本当に冤罪だったのか……。
妻メリッサを殺した容疑で州検事は夫のスティーブン･ロウを第一級殺人罪に起訴するが、無罪判決がおりる。妻の遺体が見つかっていないことが大きな敗因だった。
乳児が行方不明になり、母親は知らない人を誘拐犯だと責める。母親が何かを隠していると知り、ライトマンは深く調べ、修復の必要な家族に気づく。
