スローンは、ディクソンへの復讐を果たしてもなお、エミリーを亡くした喪失感から逃れられず、全てをデレフコとサークに委ねてネパールの秘境へと旅立つ。一方、CIAではマーシャルが心臓に関するランバルディの書類を解読。その内容は、歴史的事件の起きた時間と日付の羅列であり、それは、今から４８時間後に何かが起こる可能性をも示唆していた。シドニーは、この解読の鍵となったＤＮＡ配列を持つ人物、ディ・レーニョを捜してパナマシティへ向かうが、そこで心臓を奪われたディ・レーニョの死体を発見する。
ネパールで「乗客」捜しの鍵となるランバルディのある研究者が、コヴナントによって誘拐された。シドニーとヴォーンが、彼の救出に向かうのだが…。一方、スローンは72時間後に迫る自分の処刑を回避するため、ジャックを説得しようとするが、彼はスローンを許せず…。
エアーウルフのシミュレーターを開発した博士はパイロットとして活躍するホークを妬んでいる。しかし実は、そんな彼もエアーウルフの略奪を企むある者に操られていた。
