橋の下で男性らしき遺体が見つかった。ブースと喧嘩したブレナンは、夜遅くにラボに戻り被害者の死因を検査していた。挨拶に来た警備員のハルと話をした直後、ブレナンは何者かに撃たれてしまう。心配して来たブースが発見するが、ブレナンは生死をさまよい亡き母と出会う。
キューバから渡米し、メジャー･リーグのスター選手となったカノ･ヴェガが、バッドで殴り殺されていた。野球場のマウンドに倒れていた死体には、ピッチングマシーンの剛球が次々と浴びせられ、その惨い状況から、ベケットとキャッスルは、ヴェガに根深い恨みを持っていた者を容疑者とし、探し出していく。捜査を進めると、彼が高利貸から借金をしていたり、キューバに愛人がいたりと、次々に秘密が明らかになるが、ひょんな事からキャッスルの出生に関わる父の秘密も暴かれていく。
退職したギブスの穴を埋めようと、それぞれに努力するチームの仲間たち。そんな中、ジヴァはかつてモサドで組んでいたパートナーが大使館で軍の元高官を暗殺する現場を偶然目撃。過去のしがらみに苦しめられることになる。
クワンティコ海兵隊基地で女性の切断された脚が発見される。ギブスたちは捜査に取りかかるが、検視の結果、第一容疑者としてトニーの名前が挙がり、チームは衝撃を受ける。
海兵隊基地で発見された死体は、FBIが12年前から追っていた連続殺人犯だった。それを知ったギブスたちは、不本意ながらもFBIと合同捜査を行う。
