先端技術を駆使した地図の制作者が殺され、ジェーンとFBIが捜査を始める。殺された男は生前、あるスパイ組織の秘密を暴いていたらしい。男の家を調べていたジェーンは、テーブルの上に置いてあった新聞の文字に、所々丸印が付いていることに気づく。そんな中、リグスビーとヴァンペルトは、自分たちが誰かに追跡されていることを知り恐怖を覚える。
CIA からの2重スパイの存在が明らかになる。
FBI捜査官2名と、保護していた証人が死亡した銃撃戦の内務調査のため休職中のブレンダ。殺人特捜班は、事実上解体していた。殺人課に残ったフリンとガブリエルが捜査にあたっているアラブ系の少年･マリクの殺害事件に関し、ブレンダはCIAから極秘の捜査依頼を受ける。マリクの死にはCIA内部のスパイ行為が絡んでおり、人違いで殺されたのだという。
マリク殺害犯･ヴォイツキーを突き止めた見返りに、殺人特捜班が復活。しかし、特捜班が尾行していたヴォイツキーを何者かが先回りして殺害。ブレンダは自分が監視されていることに気付く。一方、マリクの母を訪ねると、彼女はリタと名乗り、髪を金髪に染め、アメリカ人らしく見えるように気を配っていた。また、マリクの部屋には男の子らしくないテディベアがたくさんあった。
ジャックはクロエを拘束する。そして襲撃の際に手に入れた証拠を盾にローガンを脅し、スワロフを部屋へとおびき寄せる。『24』の象徴、時を刻み続けたあの時計がついに止まる。全シリーズを締めくくるエンディングとは…。
