ピーターの目の前でダニーが死亡した。突然、意識朦朧状態に陥り、車にひかれ、大量の血を吐き即死したという。翌日になるとダニーと同様の患者が次々と病院へ搬送されてきては、死んでいく。ミーガンは患者たちが謎のウィルスに感染したと断定する。そこへテロリストから犯行声明が届き、FBIも捜査に加わるが、市民の混乱を案じ「髄膜炎の流行です」と嘘の声明を発表してしまう。
検死中の怪我でウィルスに感染したケイトは、記者会見中に倒れ隔離病棟に搬送される。FBIと警察は、大半の被害者が６つの場所で感染源であるテロリストと遭遇していたことを解明する。しかし、どの場所にも属さない10人の足取り調査は難航し、FBIはこの中に犯人がいると睨む。検死局では、ミーガンが全患者共通の死因を突き止め、発症から72時間で死に至ることも判明する。
望む終わりを迎えるため、誰もが必死になって思うままに生きようとする。
テディの計画を阻止するための時間との戦いの中で、モーガンたちはその計画のための道具が積んである座礁した潜水艦の中に入り、先へ進んでいくうちに、動機が明らかになり、信念が試される。
アリシアたちは潜入から救出までの過程で、地下の共同体に深く入り込んでいく。
