ギル･グリッソムはラスベガスのエリート科学調査官で、夜勤シフトの主任である。チームメンバーのニックとウォリックが、100件目の事件をどちらが先に解決し、CSIレベル3に昇進できるかを競い合う中、ルールを破ったウォリックは新人のホリー･グリッブスの面倒を見る羽目になり…。
新たにCSIのヘッドに任命されたグリッソムの最初の事件は、ジャックポットを当てた直後に恋人を捨てた男性の死。ウォリックが新人ホリーの一件の責任を問われるなか事件を担当することになったキャサリンは、グリッソムがサラ･サイドルを助手に任命したことに嫌悪を感じる。
ミード湖の漁師が湖から破損した片足を発見。身元はウェンディ･バーガーという女性であることが判明、グリッソムとキャサリンが捜査にあたる。一方、西ラスベガス大学の学生の首吊り死体が発見され、ニックとサラは学生寮へと向かう。さらにウォリックは、ギャンブルで作った借金の返済のために、判事からある条件を持ちかけられる。
