麻薬対策会議後に行われたホテルでのパーティーで爆発が起こり、出席者4人と接客係の女性が犠牲に。当初は麻薬組織が仕掛けた事件と思われたが、死亡した女性と主賓の関係を知り、ブレナンとブースは爆発犯の真の狙いに気づく。
出所したばかりのトレイ･クチェラが海軍基地で死亡しているのが発見される。トレイは刑務所で使われるような手製の武器で殺害されており、手には犬の毛が握られていた。さらにトレイがパブに入り浸ってダンテ･ブラウンという男と飲んでいたとことが分かり、ギブスたちがダンテの自宅を訪ねると、そこにはなぜかケイシーの姿が。親友ダンテに殺人容疑がかけられたことを知ったケイシーは、彼の潔白を証明するべく奮闘する。
大学でペルー人学生を狙った殺人事件が発生。世界刑事裁判所のエルムスリーから相談を受けたNCISは、今回の事件が20年前にペルーで起きた虐殺事件と関連していることを知る。虐殺の主犯であるシルヴァ将軍はペルー大統領に立候補しており、カレンたちは将軍を止めるべく、虐殺の生存者と思われるモデルの女性を保護することに。しかし彼女は捜査への協力を拒否し、さらにエルムスリーも情報漏えいの疑いをかけられてしまう。
陪審員を務めることになったロザリー。被告の有罪を確信していたが、冒頭陳述を聞き終えると逆の思いになっており、戸惑いを覚えると共に気分が悪くなっていた。心配したモンローは翌日裁判所まで送って行き、裁判を傍聴する。そこで、検察側の証人が反対尋問で証言をまったく逆に覆すのを目の当たりにし、被告人の弁護人ケロッグに疑いの目を向ける。
フッド山で火山の調査をしていた地質学者のジルは火山岩を拾って帰る途中、山で男に襲撃され、「石を返せ」と脅されるが催涙スプレーで撃退しそのまま持ち帰る。自宅に戻った途端地震のような揺れが起こり、気づくと持ち帰った石がなくなっていた。そして突然部屋が一気に熱くなり、火の魔物に襲われ殺されてしまう。
