ピーター・ドゥナット

3人のそっくりな医師の殺人事件を捜査する中で、モルダーは行方不明の妹について驚くべき発見をする。スカリーは変身したバウンティ・ハンターに命を狙われる。

スカリーを拉致した冷酷なバウンティ・ハンターを追う中で、モルダーは地球を植民地にしようとするエイリアンの計画を突き止める。

ネイティブアメリカンの神秘的な儀式により、モルダーは蘇る。一方、スカリーはエイリアンの実験に関する秘密のファイルを追い、知らず知らずのうちに命を狙われる羽目になってしまう。

モルダーは、地球外生命体に関する政府の知識を示す暗号化されたファイルを受け取り、自分の父親が関連プロジェクトに関わっていた可能性があることを知る。

モルダーとスカリーはエイリアンの地球侵略を阻止しようとする。