南北戦争体験場で、男性歯科医の白骨死体が発見される。ゲイの元恋人や歯科衛生士など複数の容疑者が浮かび上がるが…。一方、ブースの弟が突然現れ、出会って間もない女性と結婚すると言う。
水の飲みすぎで死亡した海軍大尉が発見されるが、NCISチームの調べにより、大尉は何者かに殺害されたことがわかる。そんな中、ギブスはダッキーの新しい恋人に会う。
石油掘削施設で不審な爆発が起き、NCISはCGIS (沿岸警備隊犯罪捜査局) と合同捜査を行う。その一方で、NCIS本部ではチームのメンバーが次々に謎のイタズラ犯に狙われる。
女性議員メリンダ・バトソンの秘書クリスティンが遺体で発見される。クリスティンはメリンダの夫と不倫の噂があった。また継母ともうまくいっておらず、行方不明になった日に継母がクリスティンに何度も電話していたことが判明する。一方、ジェーンはレッド・ジョンの事件捜査を引き継いだボスコから事件の進捗状況を聞きだそうとあの手この手で探りを入れるが・・・。
ライトマンは精神科病院へ呼ばれ、ある患者が意に反して入院させられていないかを確かめるよう求められる。その患者を逃そうとして、ライトマンは、自分の正気を疑い、自身の過去と向き合わざるを得なくなっていく。
