シーズン幕開けは「NCIS ～ネイビー犯罪捜査班」のエピソードの続きからスタート。チームはマックスウェルがハワイに向かったとの知らせを受ける。飛行機を待ち伏せすると、中では数人が死亡しており、マックスウェルの姿はなかった。DCのNCIS捜査官トーレスとナイトも加わって捜査すると、マックスウェルが既にハワイに到着しており、環太平洋合同演習 (RIMPAC) への攻撃を計画していることが判明。チームがマックスウェルを発見した時、彼は近くに隠した爆弾のスイッチを手にしていた。
テナント、ジミー･パーマー (ブライアン･ディーツェン) とサム･ハンナ (LL･クール･J) は、自称CIAの女に捕らえられ、情報を要求される。一方、ジェシー、アーニー、ウィスラーとオールデン･パーカー (ゲイリー･コール) は、国外での複数の暗殺に関与している恐れのある人物がハワイに来ていることを知る。
退職したギブスの穴を埋めようと、それぞれに努力するチームの仲間たち。そんな中、ジヴァはかつてモサドで組んでいたパートナーが大使館で軍の元高官を暗殺する現場を偶然目撃。過去のしがらみに苦しめられることになる。
クワンティコ海兵隊基地で女性の切断された脚が発見される。ギブスたちは捜査に取りかかるが、検視の結果、第一容疑者としてトニーの名前が挙がり、チームは衝撃を受ける。
海軍大佐の妻と8歳の目の不自由な娘が誘拐され、ギブスのチームはかつてない試練に立ち向かうことになる。
