ブライアン・ディーツェン

シーズン幕開けは「NCIS ～ネイビー犯罪捜査班」のエピソードの続きからスタート。チームはマックスウェルがハワイに向かったとの知らせを受ける。飛行機を待ち伏せすると、中では数人が死亡しており、マックスウェルの姿はなかった。DCのNCIS捜査官トーレスとナイトも加わって捜査すると、マックスウェルが既にハワイに到着しており、環太平洋合同演習 (RIMPAC) への攻撃を計画していることが判明。チームがマックスウェルを発見した時、彼は近くに隠した爆弾のスイッチを手にしていた。

テナント、ジミー･パーマー (ブライアン･ディーツェン) とサム･ハンナ (LL･クール･J) は、自称CIAの女に捕らえられ、情報を要求される。一方、ジェシー、アーニー、ウィスラーとオールデン･パーカー (ゲイリー･コール) は、国外での複数の暗殺に関与している恐れのある人物がハワイに来ていることを知る。

NCIS捜査官が殺害され、ギブスたちはトニーの数ヵ月にわたる極秘任務で何があったのかを調べることに。

海兵隊員が不可解な遺体となって発見され、チームは捜査を進める。一方、復帰を望むジヴァを快く受け入れられないギブスは、過去のある事件を振り返る。

海軍大佐の妻と8歳の目の不自由な娘が誘拐され、ギブスのチームはかつてない試練に立ち向かうことになる。

ギブスが最も恐れていたことが現実となる。ギブスの宿敵でアラブとイスラエルの二重スパイ、アリ (ルドルフ･マーティン) がワシントンDCに戻ってくる。目的はギブスの殺害だった。