ブライアン・レッシャー

列車の線路上でアーミッシュの少年の遺体が発見される。そして彼の部屋に隠された石のコレクションから意外な事実が判明する。厳しい規律の下に育てられた彼が求めたものは、一体何だったのか?

ジェーンとCBIチームが、囚人の殺人事件を調査するために呼ばれる。殺された囚人はレイプ殺人で9年服役していたが、DNA鑑定の結果、最近釈放されたばかりだった。ジャック・コールマンが犠牲者の夫役でゲスト出演する。

ミキサーに頭を突っ込んだ状態の射殺体が、カップケーキ店の厨房から発見された。被害者は、店主のジミー･ウィーラン。店のオフィスには5万ドルもの大金が入った“謎のブリーフケース”があり、捜査を進めるとジミーがアイルランド系マフィアと、その組織が活動の拠点とするバーの店主ショバン･オドゥールと関係があったことが判明。なんとライアンは、7年前に組織へ潜入捜査を行い、ショバンとは親密な関係にあったという。そしてショバンにも危険が迫っていると知った彼は、決死の覚悟で組織への再潜入に動き出す。

マグナムとヒギンズは、島で見かけた行方不明の兄を探してほしいというクライアントに雇われる。二人が調査していくと裏に復讐の為の事件が隠されている事に気づくが、ヒギンズが撃たれ、TCが誘拐されてしまう。また、シーズン3の初回では、ヒギンズの担当外科医がヒギンズをデートに誘い、ヒギンズ (そしてマグナムも!) は驚き困惑する。

ニックを探していてステュワードに襲撃されたレナード警部は、緊急手術を受ける。またニックたちは警察に対して、トラブルがステュワードを殺したのは正当防衛だったと説明する。その頃、サイトレ社で防衛機密のCVAプロジェクトに関わるヘンリー･スロコム博士の家に同業のアンダーソンが訪ねて来るのだが…。

血まみれで倒れているギデオンを発見したクインは、パニック状態に陥り、オリヴィアに助けを求める。「警察に連絡したら、あなたの正体がバレる」と言うオリヴィアの指示のもと、ギデオンの遺体を処理するクインとスタッフたち。その頃、ホワイトハウスでは、カルト集団の立てこもり事件についての会見が行われていたが、そこへ副大統領の首席補佐官ビリー・チェンバースが乱入する騒ぎが発生。会見マイクを奪った彼は「大統領がアマンダを自殺に追い込んだ」と、メディアに訴え始める。この大統領の危機にオリヴィアは!?