列車の線路上でアーミッシュの少年の遺体が発見される。そして彼の部屋に隠された石のコレクションから意外な事実が判明する。厳しい規律の下に育てられた彼が求めたものは、一体何だったのか?
ミキサーに頭を突っ込んだ状態の射殺体が、カップケーキ店の厨房から発見された。被害者は、店主のジミー･ウィーラン。店のオフィスには5万ドルもの大金が入った“謎のブリーフケース”があり、捜査を進めるとジミーがアイルランド系マフィアと、その組織が活動の拠点とするバーの店主ショバン･オドゥールと関係があったことが判明。なんとライアンは、7年前に組織へ潜入捜査を行い、ショバンとは親密な関係にあったという。そしてショバンにも危険が迫っていると知った彼は、決死の覚悟で組織への再潜入に動き出す。
兵曹が車の事故を起こして死亡。捜査で秘密クラブでの殴り合いが浮上すると、チームは殺人を疑う。
ジェーンとCBIチームが、囚人の殺人事件を調査するために呼ばれる。殺された囚人はレイプ殺人で9年服役していたが、DNA鑑定の結果、最近釈放されたばかりだった。ジャック・コールマンが犠牲者の夫役でゲスト出演する。
隊員たちは貯蔵施設の火災と闘うが、事態はどんどん複雑化していく。グレイ＋スローン病院から立ち寄ったジャクソン・エイヴリー医師が、昔の仲間ベン・ウォーレンと共同で手術をすることになる。
