生涯最大の敵、レッド･ジョンを撃ち殺し、刑務所に入れられたパトリック･ジェーン。だが、ジェーンが殺した男は、本当に、謎に満ちた恐ろしい連続殺人鬼、レッド･ジョンだったのかという疑いが突然浮上する。
活火山の底で科学者の死体と生命体が発見される。モルダーとスカリーは、この奇妙な寄生胞子の恐ろしい影響を調査する。
グリーンの診た妊婦が病院のすぐ外で発作を起こす。グリーンが誤診していたのだ。彼はスーザン、カーター、デブ･チェン協力の下、この妊婦と赤ん坊の命を救うことに尽力する。ベントンは母親のオペの執刀を申し出るが…。
今年もクリスマスがやってきてカウンティ総合病院では様々なことが起こる。妊婦を死なせた診療で相手の夫から訴えられ、弁護士と対策を練るグリーン、シェップからプロポーズされるキャロル…。ERには多様な患者が次々と運び込まれ、相変わらず慌しい一日が去っていく。
シカゴ消防局第51分署が出動した悲劇の倉庫火災で、39人の命が奪われた。シカゴ警察は容疑者の捜索を進め、放火および殺人の容疑で男を逮捕。ピーター･ストーンが、主任捜査官アントニオ･ドーソンをはじめとするチームとともに、犠牲者の多くの遺族や友人たちのために事件の解決を目指す。その中には、彼らにとって非常に親しい仲間も含まれていた。敏腕弁護士が被告側につくと、ストーンたちは不確かな自白や、有罪を示唆する証拠、疑わしい動機について立証を迫られる。
