300年前の骨を握りしめた死体が発見された。ブレナンとブースの捜査の行方は、海賊の財宝が眠っているとされる島へと導かれる。ところが、ダイビング調査中に発見された骨のいくつかは、ジェファソニアン研究所から持ち出されたものと判明。そこには思いもよらぬ犯人の利己的な動機があった。
ジェーンとCBIのメンバーたちは、あるギャングの殺害事件について調査を始めるが、殺されたギャングが証人保護プログラムの下にいたことから、事態は思わぬ方向に展開する。ジェーンは、何とかしてギャングのボスから話を聞き出そうとするが・・・。
感情をコントロールできなくなったのを悟ったキャリーは再び精神科医の元へ向かう。一方、オキーフの元へ向かったソールの前に現れたのは、銃を手にした住人たちだった。話し合いでオキーフを投降させようとするソールだったが、なかなか状況は好転しない。同じ頃、ホワイトハウスではキーンと軍人たちが対立していた。
ダンテの調査に熱中するあまり、一晩無断で家を空けたキャリーは、再び姉のマギーと衝突してしまう。フラニーを連れて衝動的に家を出たキャリーは行き場に困るが、そんな時ダンテから電話がかかってくる。一方、ソールはウェリントンの元を訪れ、シモーヌの正体を暴露する。次に彼が向かったのはマックスの家だった。
少女の遺体が発見され、18時間前に失踪した2人の少女のうちの一人ケイティだと決定。残る行方不明者リンジーの自宅を訪れたリード、ロッシ、モーガンは、部屋が10代の少女らしからぬ殺伐としたものであることに気づく。
