マーコスの支配から逃れたステファンとエレナは、人里離れた土地で途方に暮れる。エレナとデイモンの関係について冷静に語り始めるステファン。ドッペルゲンガーを守る計画に失敗したリブとルークは、危険な賭けに出ることにした。
みんなが悲惨な過去から立ち直ることを望むキャロラインは、ウィットモア大学が傷心の生徒達の為に開く“ビターボール”に出席するようエレナとボニーを説得する。そこでボニーを悪巧みにはめたリブという生徒は、魔術に手をだしていることが判明。タイラーはマットとナディアの関係を心配し始める。とんでもない事実の発覚後、ステファンはデイモンとエンゾとの会話に失望する。ウェス教授は新しい協力者スローンのもと、リサーチの継続に苦戦する。復讐を誓ってやまないデイモンとエンゾは、暴力に訴えてボニーとジェレミーの手助けを得ようとするが、予想外の恐ろしい結果をもたらすことに。
エレナは、デイモンを失ったという現実に向き合い、悲痛な思いでこの4か月間を過ごしてきた。だが同時に、彼女は、とても危険な方法でどん底から立ち上がっていく。一方キャロラインは、トラベラーズが掛けた魔術を解こうと躍起になる。シックス･シーズン第1話は、エレナがウィットモア･カレッジの2年生としてスタートする新学期で幕を開け、誰もが大きな変化に直面する。
デイモンの計画が原因となり、ミスティック･フォールズで大規模な爆発が起きる。混乱状態に陥る人々。そこには、勇気ある行動と犠牲、安心と絶望が入り混じった空気が漂っていた。
ステファンが重い病に伏せるエレナにここ一連の事件を説明しようとした時、彼女が思いついたのはデイモンに連絡することだった。そのデイモンは、辛い告白を彼女にどのように伝えるべきかで悩む。ウェス博士のファイルを調べていたキャロラインは恐るべき秘密を発見し、現れたエンゾが、皆が探している解決策を持っているという言葉に彼女は驚く。エンゾの主張でキャロラインは、謎めいた場所で彼女と落ち合うようステファンに頼む。そこで彼女たちは、トラベラーズに出会い、その中にいたスローンは、ドッペルゲンガーの重要性について新たな情報を明かす。
